בית המדרש במכון הגבוה לתורה מאפשר לסטודנטים ללמוד תורה במקביל ובמשולב עם התפתחותם האקדמית. הלימוד בבית המדרש מאפשר לסטודנטים לקבל קרדיט אקדמי הפוטר אותם מלימודי יסוד ביהדות ומקורסים כלליים, ואף מזכה במלגה את העומדים בתנאי בית המדרש.