תואר מתקדם במחקר (MSc PhD) במדעי הרפואה או בריאות - תכנית הלימודים לתארים מתקדמים מורכבת מעבודת מחקר וקורסים. נושא המחקר של כל סטודנט או סטודנטית יקבע בהתייעצות עם המנחה. הקו המנחה בפקולטה לרפואה של אוניברסיטת בר-אילן הוא מחקר תרגומי - Translational Research בעיקר בתחומים הבאים: ביוכימיה, חקר הסרטן, ביואנרגטיקה, מטבוליזם, פרמקולוגיה, מיקרוביולוגיה רפואית, וירולוגיה, גנטיקה, ביולוגיה חישובית (ביואינפורמטיקה), נוירוביולוגיה, אנטומיה, מורפולגיה, ביולוגיה התפתחותית, אימונולוגיה, מיקרוביולוגיה, ביולוגיה מבנית, ביולוגיה של התא, בריאות הציבור, אתיקה רפואית.

תואר רופא - MD לימודי הרפואה כוללים, בין היתר, את הכרת המנגנונים הגנטיים, התאיים, הביוכימיים, המולקולריים והפיזיולוגיים בגוף האדם, התעמקות במבנה ובתפקוד של הגוף ובמערכות האברים הפנימיים שלו. בעינינו, הקניית ידע, הבנה ומיומנויות הן רק חלק מהכשרתו של הרופא ורופאה. אנחנו רואים בעיצוב אישיותם של הרופאים ורופאות לעתיד מרכיב מהותי של הוראת המקצוע ודוגלים בגישה האנושית למטופל או מטופלת, תוך הקניית מיומנויות תקשורת בינאישית ומתוך יחס של כבוד לו ולמשפחתו. הלימודים הקדם-קליניים מוגשים בצורה אינטגרטיבית רב-תחומית חדשנית, בסדרה של חטיבות למידה או "שדות קליניים", שבהם משולבים המקצועות השונים לפי התהליכים הביולוגיים והפתולוגים השונים. תוכנית הלימוד מקשרת בין הוראת מדעי הבסיס להוראה הקלינית כבר מהשנה הראשונה. ההוראה הקלינית מתקיימת בבתי החולים ובמרכזים האמבולטוריים ברחבי הגליל.

לכל סטודנט או סטודנטית האפשרות לבחור שילוב של קורסים שמיועדים להכשירו\ה כחוקר\ת מוביל\ה בתחום המחקר הרפואי בו יבחרו להתמקד.

בתחום מדעי הביו רפואה מתבצעים בפקולטה מחקרים פורצי דרך בחקר סרטן, וירולוגיה, אימונולוגיה, מיקרוביום, פיתוח תרופות, חקר המוח, סכרת, גנטיקה של האדם ועוד.

בתחומי מדעי הבריאות מתבצעים בפקולטה מחקרים בתחומי האתיקה ומדעי האדם, בריאות האוכלוסייה, אפידמיולוגיה סביבתית, חינוך רפואי, ועוד.

על פי התפיסה המיושמת בבתי ספר לרפואה המתקדמים בעולם, הוקמו בפקולטה מרכזי מחקר הכוללים מרכזים מכווני מחלה ולצדם מרכזי מחקר אינטגרטיביים, הכוללים 21 מעבדות מחקר ביו-רפואיות משוכללות ועוד 7 מעבדות מחקר במדעי הבריאות.